代理記賬是每月收費的。在雙方商議的時候，會約定代理記賬價格，如何收取。但是經過了解，筆者發現一些代理記賬公司按年計費，客戶一次交一年的費用。相比而言，這樣的年計算成本更低。
同一家代理記賬公司對不同客戶的收費不同，主要取決于不同的稅率。這樣的話，普通納稅人的收費要比小型納稅人高。

注意事項:
1.一些代理記賬公司未與委托單位簽訂正式代理合同，對雙方的權利和義務缺乏明確規定。實際上，當遇到不同意見的時候，他們常常不能區分責任。所以，企業對代理機構的選擇要慎重。
2.個體代理記賬公司不具有代理記賬資格(經市財政局批準的代理記賬許可證，會計崗位證書等)。有可能逃避責任，損害委派單位的利益。對于中小企業來說，選擇代理服務公司也要注意。
3.財務軟件只有在財政局備案后方可使用，部分會計機構沒有使用財政部核準的財務軟件，而是手工記賬。